Довольно странная задача, но, может кто-то действительно их ищет
<?
SELECT
tt.id,
table1.id
FROM `table1`
LEFT JOIN table1 as tt
ON table1.id+1=tt.id
-- WHERE tt.id=NULL
?>
Мы получим NULL при выводе напротив той колонки, где увеличивали на единицу, например
[PHP]
id, id
NULL 1
4 3
[PHP]
Таким образом, сможем получить номера id, после которых отсутствуют ID, то есть битый AUTOINCREMENT, увеличив их на единицу - получим отсутствующие